1. Lingkaran Warna Merah:

1.1 Lingkaran mengandung makna Ikatan Persaudaraan, Persatuan dan Kesatuan keluarga besar Bonavita yang terdiri dari: Yayasan, Kepala Sekolah, Guru dan Karyawan, Para Siswa dan Siswi serta Orang Tua Murid.

1.2 Warna Merah adalah symbol semangat dan dedikasi yang tinggi dalam menjalankan tugas dan kewajiban bagi Keluarga Besar Sekolah Bonavita, yang dilandasi cinta kasih dan kasih sayang.

2. Cakrawala Berwarna Biru

2.1 Cakrawala adalah simbol wawasan yang luas dan jauh kedepan sesuai dengan Visi yang diemban oleh Sekolah Bonavita, yaitu mencapai keunggulan dibidang Ilmu Pengetahuan dan Teknologi, yang selalu berubah dengan cepat.

2.2 Warna Biru, melambangkan kesejahteraan yang hanya bisa diraih melalui profesionalisme dalam mencapai tujuan seperti yang telah tertera dalam Visi dan Misi Sekolah Bonavita. Bahwa Ilmu Pengetahuan dan Teknologi harus mampu diaplikasikan dalam bentuk keterampilan sesuai dengan kebutuhan dalam kehidupan nyata sehingga mampu mewujudkan kesejahteraan bagi dirinya dan juga bagi masyarakat dan bangsa.

 

3. Lingkaran Kuning adalah lambang keberhasilan berdasarkan kesetiakawanan, ketulusan, dan keikhlasan sebagai modal untuk memperjuangkan tercapainya tujuan.

 

4. Rumput Berwarna Hijau, melambangkan inovasi yang harus dilaksanakan secara terus menerus, ibarat setangkai ranting yang senantiasa tumbuh dan berkembang di lingkungan yang nyaman dan terawat dengan baik.

 

5. Gambar Siswa dan Siswi, melabangkan kerukunan. Sekolah Bonavita adalah sekolah umum. Pendidikan agama diberikan kepada semua siswa sesuai dengan agama dianutnya yang diakui pemerintah. Kerukunan antar umat beragama ditanamkan sejak usia dini di Sekolah Bonavita.

 

6. Sembilan (9) Garis Hitam dan Dua (2) Garis Merah, melambangkan bahwa Sekolah Bonavita dibuka pada tahun 1992 tepatnya pada tanggal 16 Juli 1992.